O certificados emitidos pelo Let’s Encrypt possuem limite para evitarem abuso. Se você está sendo limitado, segue as regras das limitações.
Nomes por certificado
É o limite de quantos domínios/subdomínios podem ser emitidos dentro de um único certificado. Hoje é limitado a 100 domínios/subdomínios por certificado.
Isto quer dizer que você pode colocar em um mesmo certificado seus diversos domínios.
Certificado por domínio
É o limite de quantos certificados por domínio. Hoje é limitado a 20 certificados por semana.
De forma mais simples, isto quer dizer que se você tiver que emitir certificados para seus subdomínios vinculados ao domínio principal você poderá fazer em 20 subdomínios por semana. Mas acredite, isto é bastante coisa.
Renovação de certificados
A renovação de certificados é limitada pela regra de certificado por FQDNs. Este é o limite de quantos certificados podem ser emitidos que contenham o mesmo conjunto de domínios emitidos recentemente. Hoje é limitado a 5 certificados por FQDN por semana.
Isto quer dizer que se você fez uma configuração de um mesmo grupo de domínios 5 vezes em uma semana, esta renovação será bloqueada.